NAR：人类基因组可变剪切变异一网打尽——SPCards新手使用指南

Pre-mRNA剪接在维持人类蛋白质多样性和复杂的生物功能中发挥着不可或缺的作用。超过90%的人类基因通过选择性剪接产生多个成熟mRNA，参与组织或细胞特异性生物过程。Pre-mRNA中剪接体顺式作用调控元件的致病变异将破坏这些过程并可能导致疾病的形成。

近日，中南大学湘雅医院赵贵虎和李津臣团队等在 Nucleic Acids Research 期刊发表了题为：Performance evaluation of differential splicing analysis methods and splicing analytics platform construction 的研究论文。

该研究发布了迄今最全面的人类剪切突变数据库及剪切变异分析平台——SPCards（http://www.genemed.tech/spcards/home）整合21800阳性剪切变异和27090阴性剪切变异以及对应18款软件剪切预测结果。

SPCards通过人为生成潜在单核苷酸变异和对应剪切预测评分。SPCards同时可以查询整合的阳性/阴性剪切变异和预测新的剪切变异。

SPCards功能

1、检索模块1.1、快速变异检索Home界面进行快速检索变异剪切预测结果。检索方式包括区间检索，基因检索，转录本检索，变异检索和物理位置检索等多种方式。整合的21800阳性剪切变异和27090阴性剪切变异以及对应18款软件剪切预测结果支持所有检索方式。预测新的剪切变异仅支持区间检索方式。

注意：不同检索方式可以利用VarCards（http://varcards.biols.ac.cn/）或者Transvar（https://bioinformatics.mdanderson.org/transvar/）网站进行相互转换。预测新的剪切变异评分有30s左右的数据搜索和展示过程。

1.1.1、区间检索查询设定区间内的所有变异和其对应剪切预测结果，如：chr17-41209068-41209068。区间检索需要设定物理位置，因此需要设定参考基因组hg19或者hg38。

1.1.2、物理位置检索查询物理位置变异和其对应剪切预测结果检索，如：chr17:41209068:C:T。物理位置检索需要设定参考基因组hg19或者hg38。

1.1.3、基因检索查询基因的所有变异和其对应剪切预测结果，如：BRCA1。

1.1.4、转录本检索查询转录本检索的所有变异和其对应剪切预测结果，如：NM_000492。

1.1.5、变异检索查询变异和其对应剪切预测结果，如：COL6A1:c.930+189C>T。

1.1.6、检索结果

新变异仅能够通过区间检索的方式获得对应物理位置的变异注释信息。每个位点预生成三个不同的变异，所以结果会展示三个变异的剪切注释结果。

1.2、批量检索模块批量检索模块可以批量的方式进行区间检索、基因检索、转录本检索、变异检索和物理位置检索等。同时该模块增加了验证方法的检索方式。

用户可以自定义选择注释内容

2、分析模块

用户可上传遗传变异数据(VCF4格式)，鉴定非三口之家样本中与表型共分离变异以及三口之家样本中新发突变、纯和变异、复合杂合变异和X连锁的半合子变异。用户可以自定义变异质量控制阈值、注释数据源、识别功能性非编码变异方法和罕见变异在人群中频率。2.1、上传数据过程

2.2、自定义剪切变异和错义突变预测软件

2.3、变异质量控制定制

2.4、综合注释信息选择

3、浏览

用户可以浏览整合实验验证的阳性和阴性剪切变异。

4、下载

用户可以下载整合实验验证的阳性和阴性剪切变异。

据悉，李津臣教授团队一直致力于以孤独症、帕金森病等神经精神类疾病的生物信息学与医学遗传学研究，开发了系列整合疾病表型数据与遗传信息的分析工具和数据库，并逐步建立了特色鲜明的神经精神疾病多组学分析体系；利用该体系揭示了孤独症和帕金森病发生发展相关的关键变异、核心基因、分子亚型和调控网络，为疾病的精准防控和诊疗提供了科学依据。作为项目负责人获批国家重点研发计划（青年科学家项目），入选国家万人计划青年拔尖人才。李津臣教授团队开发的医学遗传数据库分析工具总结如下，希望对读者基因变异分析有所帮助（具体介绍请关注团队公众号“医见生信”）。

1）Gene4系列：专病遗传数据库Gene4Denovo: 人类神经精神疾病新发变异数据库及分析平台http://genemed.tech/gene4denovo/homeGene4PD: 帕金森病相关基因整合数据库及分析平台http://genemed.tech/gene4pd/homeGene4MND: 运动神经元病相关基因整合数据库及分析平台http://genemed.tech/gene4mnd/home

2）Cards系列：变异致病性及表型SPCards: 人类重大疾病可变剪切变异数据库及分析平台http://www.genemed.tech/spcards/homeVarCards: 人类重大疾病基因变异解读数据库及分析平台http://varcards.biols.ac.cnGPCards: 人类重大疾病基因型表型关联数据库及分析平台http://genemed.tech/gpcards/homeTRCards: 人类基因组串联重复数据库及分析平台http://genemed.tech/trcards/homeMTCards: 中国人群线粒体基因变异数据库http://genemed.tech/mtcards/home

论文链接：https://doi.org/10.1093/nar/gkac686

转自：“生物世界”微信公众号

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