浙大学报英文版：lncRNA空间转录组分析揭示组织特异性和癌症中的功能

内容介绍

中文摘要

目的：

长链非编码RNA（long non-coding RNAs，lncRNAs）在维持组织形态和功能方面发挥着重要作用，其精确调控效应与其表达模式密切相关。然而，lncRNA在人体内的空间表达模式还未得到明确刻画。

方法：

在本研究中，我们构建了5个完整的人类lncRNAs转录组图谱，覆盖了数千个正常或疾病状态下的主要组织样本。在不同资源的相同组织中，lncRNA转录组表现出高度的一致性，在特定组织中则表现出更高的复杂性。在每个资源中都发现了组织升高（tissue-elevated，TE）的lncRNA，并通过整合分析提炼出了稳定的TE lncRNA。我们在组织中检测到了1~4684个稳定的TE lncRNAs，其中TE lncRNA最多的是睾丸组织，其次是脑组织。TE lncRNA的功能分析表明，TE lncRNA在相应的组织相关通路中发挥重要作用。此外，我们发现，稳健的TE lncRNA的表达特征使其成为区分组织的有效生物标记物；TE lncRNA也倾向于与癌症相关，表现出差异表达或与患者生存相关。

结论：

综上所述，lncRNAs的空间分类是阐明lncRNAs在维持组织形态和组织限制性疾病进展中功能的重要起点。

关键词组：

空间表达；转录组；长链非编码RNA（lncRNA）；癌症；生物标志物

作者：

Kang XU, Xiyun JIN, Ya LUO, Haozhe ZOU, Dezhong LV, Liping WANG, Limei FU, Yangyang CAI, Tingting SHAO, Yongsheng LI, Juan XU

本文引用格式：

Kang XU, Xiyun JIN, Ya LUO, Haozhe ZOU, Dezhong LV, Liping WANG, Limei FU, Yangyang CAI, Tingting SHAO, Yongsheng LI, Juan XU. Spatial transcriptome analysis of long non-coding RNAs reveals tissue specificity and functional roles in cancer[J]. Journal of Zhejiang University Science B, 2023, 24(1): 15-31.

http://doi.org/10.1631/jzus.B2200206

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