如何将通路图导入到Cytoscape中？

安装插件

首先，通过App菜单下的“App Manager” 进入Cytoscape的插件管理器。App菜单下的其他选项为之前已经安装好的一些插件。

在插件管理器中的Search栏中，只需输入插件的名称（如这里只需前几个字母wiki）可快速找到相应的插件，用鼠标选中相应的插件后，点击Install按钮即可开始安装。

导入通路图

导入Wiki网络图的方法有两种，第一种方法是通过File菜单下的Import命令导入Network （from Public Databases）

在Import Network from Public Databases窗口中可选择数据来源，当然这里选择WikiPathways

在数据源切换为WikiPathways后，只需在搜索框中输入代谢通路相关的关键词（比如我这里输入TP53），就可以查看不同物种对应的通路。为了快速找到目标通路，点击列名可以对通路（Pathway）和物种（Species）按字母顺序进行排序。

选择感兴趣的通路后点击Import as Pathway按钮后，即可将相关的网络图导入到Cytoscape中

第二种方法是在软件窗口左侧的Network窗口中，我们也可以切换搜索框的数据源，如下图，之后输入代谢通路相关的关键词，也可以查找不同物种对应的通路。

比如我这里输入Apoptosis（细胞凋亡）就可以查到目标物种相关的通路

点击Import as Pathway按钮，导入Apoptosis通路图

但如果点击Import as Network按钮，则以有向网路图的方式导入Apoptosis通路图

导出图片

调整满意后，通过File/Export/Network to Image命令，可将当前的网络以图片的形式（除了JPG、PNG格式的位图，也支持PDF、SVG格式的矢量图）进行导出。

转自：基迪奥生物

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