我们在Pubmed搜索了近两月在title/abstract中出现single cell或single nucleus的文章，总计有两百多篇，按照影响因子筛选，其中影响因子if大于15的有八十多篇，我们挑选部分高分文章进行分享导读，希望可以给你带来新的研究想法或思路。
案例一
文章题目：Single-cell RNA-seq reveals cell type-specific molecular and genetic associations to lupus
中文题目：单细胞RNA序列揭示了细胞类型特异性分子和遗传与狼疮的关联
发表杂志：Science
影响因子：47.728
DOI：10.1126/science.abf1970
摘要：系统性红斑狼疮 (SLE) 是一种异质性自身免疫性疾病.与 SLE 相关的循环免疫细胞类型和状态的知识仍然不完整.我们介绍了超过 1.2 万个外周血单个核细胞（162 例，99 例对照），采用多重单细胞 RNA 测序 (mux-seq)。病例表现出单核细胞中 1 型干扰素刺激基因 (ISG) 的表达升高，与单核细胞 ISG 表达相关的初始 CD4+ T 细胞减少，以及库限制性细胞毒性 GZMH+ CD8+ T细胞的扩增.细胞类型特异性表达特征预测病例对照状态并将患者分层为两种分子亚型。我们整合了密集的基因分型数据来绘制细胞类型特异性顺式表达数量性状基因座，并将 SLE 相关变体与细胞类型特异性表达联系起来。这些结果证明mux-seq 是一种系统化的方法来表征细胞组成、识别转录特征和注释与 SLE 相关的遗传变异。
案例二
文章题目：Somatic genomic changes in single Alzheimer's disease neurons
中文题目：单个阿尔茨海默病神经元的体细胞基因组变化
发表杂志：Nature
影响因子：49.962
DOI：10.1038/s41586-022-04640-1
摘要：阿尔茨海默氏症的痴呆症与神经退行性变而发展，但导致神经元功能障碍和死亡的具体事件仍然不清楚。在正常的衰老过程中，神经元以类似于细胞分裂的速度逐渐积累体细胞突变，这表明遗传因素、环境暴露或疾病状态可能会影响这种积累。在这里，我们分析了来自阿尔茨海默病患者和正常对照组的319个神经元的单细胞全基因组测序数据。我们发现，体细胞DNA改变在阿尔茨海默病个体中增加，具有不同的分子模式。正常的神经元主要以一种与年龄相关的模式(signature A)积累突变，这与之前在健康细胞和癌细胞中描述的“时钟型”突变签名非常相似。在受阿尔茨海默病影响的神经元中，额外的 DNA 改变是由突出 C>A 和其他特定核苷酸变化的不同过程（特征 C）驱动的。这些变化可能与核苷酸氧化有关，我们发现，在受阿尔茨海默病影响的神经元中，核苷酸氧化在原位增加。表达的基因表现为签名特异性损伤，突变表现为转录链偏倚，提示转录偶联核苷酸切除修复在突变的产生中起作用。阿尔茨海默病的改变影响编码外显子，预计将产生功能失调的基因敲除细胞和蛋白酶抑制剂。我们的结果表明，已知的阿尔茨海默病的致病机制可能导致神经元的基因组损伤，从而逐步损害功能。神经退行性变中DNA改变的异常积累提供了对阿尔茨海默病发展过程中发生的分子和细胞事件级联的洞察。
案例三
文章题目: Mapping human haematopoietic stem cells from haemogenic endothelium to birth
中文题目: 人类造血干细胞从造血内皮到出生的定位
发表杂志: Nature
影响因子: 49.962
DOI: 10.1038/s41586-022-04571-x
摘要：由于人类造血干细胞 (HSC) 在不同造血部位出现和成熟时无法识别，因此其个体发育不明确。在这里，我们创建了从孕早期到出生的人类造血组织的单细胞转录组图谱，发现 HSC 特征 RUNX1+HOXA9+MLLT3+MECOM+HLF+SPINK2+ 在整个妊娠期间将 HSC 与祖细胞区分开来。除了主动脉-性腺-中肾区域外，新生的 HSC 在 6 周定植于肝脏之前，还在胎盘和卵黄囊中生长。比较不同成熟阶段的 HSC 揭示了 HSC 出现后 HSC 转录因子机制的建立，而它们的表面表型在整个发育过程中演变。HSC 向肝脏的转变标志着分子转变，其证据是抑制反映新生 HSC 身份的表面抗原，以及获得 HSC 成熟标志物 CD133（由 PROM1 编码）和 HLA-DR。HSC 起源被追踪到 ALDH1A1+KCNK17+ 造血内皮细胞，其起源于称为造血前内皮细胞的 IL33+ALDH1A1+ 动脉内皮细胞亚群。使用空间转录组学和免疫荧光，我们在腹侧位于主动脉内的造血簇中可视化了这一过程。人类 HSC 个体发育的体内图验证了从人类多能干细胞中生成主动脉-性腺-中肾样确定性造血干细胞和祖细胞，并作为提高其成熟为功能性 HSC 的指南。
案例四
文章题目：β-Hydroxybutyrate suppresses colorectal cancer
中文题目：β-羟基丁酸抑制结直肠癌
发表杂志：Nature
影响因子：49.962
DOI：10.1038/s41586-022-04649-6
摘要：结直肠癌（CRC）是最常见的癌症之一，迫切需要新的预防和治疗策略。本研究确定了一种代谢物信号途径，并为实现这一目标提供了可操作的见解。本文在原发性大肠癌动物模型中进行饮食筛查，发现生酮饮食具有很强的肿瘤抑制作用。酮体β-羟基丁酸（BHB）重现了生酮饮食的特性，减少了结肠隐窝细胞的增殖并有效地抑制了肠道肿瘤的生长。研究发现BHB通过表面受体Hcar2发挥作用，并诱导转录调节因子Hopx，从而改变基因表达并抑制细胞增殖。癌症类器官分析和大肠癌患者活检的单细胞RNA测序结果，显示BHB水平升高和活性HOPX与人类肠上皮增生减少有关。因此，这项研究确定了BHB触发的调节肠肿瘤发生的通路，并表明口服或系统干预单一代谢物可能是当前CRC预防和治疗策略的一种。
案例五
英文题目：Specification of CNS macrophage subsets occurs postnatally in defined niches
中文题目：CNS巨噬细胞亚群的特异性发生在出生后的特定生态位中
发表杂志：Nature
影响因子：49.962
DOI：10.1038/s41586-022-04596-2
摘要：中枢神经系统 (CNS) 的所有组织驻留巨噬细胞——包括实质小胶质细胞，以及 CNS 相关巨噬细胞 (CAMs1)，如脑膜和血管周围巨噬细胞都是 CNS 的一部分内源性先天免疫系统在感染或创伤期间充当第一道防线。有人提出，小胶质细胞和 CAM 的所有亚群都来源于卵黄囊中的产前细胞来源，这些细胞来源被定义为早期红髓细胞祖细胞。然而，人们对精确的个体发生关系、潜在的转录程序和驱动不同原位 CAM 子集发展的分子信号知之甚少。在这里，我们使用命运映射系统、单细胞分析和细胞特异性突变体显示，只有脑膜巨噬细胞和小胶质细胞共享一个共同的产前祖细胞。相比之下，血管周围巨噬细胞仅在出生后以整合素依赖性方式起源于围产期脑膜巨噬细胞。血管周围巨噬细胞的建立关键需要动脉血管平滑肌细胞的存在。总之，我们的数据揭示了在 CNS 中建立巨噬细胞亚群的不同解剖位置的精确定时过程。
转自：帮研网科研学术
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