医学论文是以基础医学、临床医学及渗透学科、边缘学科的理论为指导，经过基础实验研究、临床实践取得第一手资料，然后经过归纳分析及统计学处理，最终形成富有先进性、实践性的作品;或者是运用第二手资料(即间接资料)，将所取得的资料经过综合整理，成为系统而完整的作品。
这里包括如下几项：一是要有理论指导，要求在掌握相关专科的基本理论基础上，要了解近年来有关这一学科的论点，这就涉及资料的收集与整理; 二是要有实践中获得的结果，这部分内容应该是文章的核心内容，要把自己在实践中所获取的知识，经过科学的取舍，用这些实践中所获取的内容树立自己的观点;三是要经过归纳分析，要求对所得的数据，与前人所得出得结果进行综合分析，明确自己的观点;四是要有统计学处理结果,要求检验所得数据是不是经过科学的分析,是不是经得起推敲，这是论文科学性的重要部分;五是具有先进性及实践性，选题的先进性与实用性,对医学论文是不可忽视的部分，是文章的中心。文章组织得再好，如果不具有先进性，只是前人工作的重复就失去了发表的意义;从另一方面，如果即使有了先进性，但脱离医学实际，对于实用性医学杂志来说，也同样会失它的刊发意义。这五点是医学论文必须具备的五个要素。
从这个概念来理解，论著、有些临床经验交流及综述、讲座是医学论文，而某种药物治疗某病1例或几例，治疗某种疾病的单方，小的技术改进，临床病例讨论，医学活动动态等不应该归为医学论文，这些文章，只能称为医学文稿，称不上医学论文。
写作前的准备工作
医学论文的写作过程,如同其他文学作品、新闻通讯、工作总结一样，在写作前需要经过认真、充分的准备。准备工作的好坏，直接影响到文章的质量。
有些作者写文章忽视准备工作，得到一点材料，刚刚有一点肤浅的体会，或只是初步形成一个很不成熟的思路时就急于动笔。这种方法往往是只写出一部分时，由于材料准备得不充分或思路中连续，不得不中断写作;或者有些作者在写作中一边写，一边设计，一边凑材料，一边寻路子。其结果是所写出的文章内容空洞、结构松散、观点不清、说理不清。写论文没有充分的准备工作很难写出好的文章，写文章前必须做好三个方面的准备工作。
明确文章的主题和中心,做好理论上的准备工作
主题是一篇文章的统帅,主题与内容必须相响应。主题即文章的选题,选题的新颖与否,直接影响文章的质量,可读性。所以,在写作之前,确定文章的中心是很重要的一点。多数人在动笔前往往是杂乱无章，因此,必须从这种认识上的混乱状态中,理出一个清晰的头绪来,明确文章的主题和中心,并围绕这一中心,做好理论上的准备工作。例如,如果写一篇后壁心肌梗死的早期诊断的体会文章,在写文章前,必须明确哪些内容应该作为文章的中心。如果围绕着后壁心肌梗死的早期表现,以及心肌梗死的特异性检查、心电图和血清酶测定来确定文章的主题,应该在这个主题下,进一步突出其中的某一部分。比如,右胸导联在早期诊断中的价值和意义,常规心电图检查对于减少误诊的体会等。这样不但主题明确,文章的中心内容也十分清楚,就可以使文章的构思完整,内容结构也充实全面。相反,如果主题不明,内容势必会造成紊乱。一会儿写症状,一会儿谈早期诊断的体会,一会写心电图表现,一会又加入种种评论。这种写法,材料显得杂乱无章,尽管罗列一些症状与表现,也多半缺乏系统分析没有独到的见解。这样的文章,读者不会欢迎,编者也不会欢迎。
确定文章的布局和角度
每篇文章都有一定的结构,动笔之前,尽管作者不可能把每一细节,每一句话都想得十分周全,但是,文章的布局和所选的角度都必须清楚。应该考虑到文章分几部分来写,每一部分中包括哪几段,每个段落中使用哪些材料,说明哪些问题,以及先说什么,后说什么;哪部分细说,哪部分从略应该有个大致的设想。
除了明确文章的思路之外,还必须选准文章的角度,即如何表现主题,以及从哪谈起。因为每一个主题都可以从不同的角度谈起,但并不是每一个角度都能使文章的达到内容短小精悍的目的。例如在上述事例中,如果写文章前没有确定好文章的角度,不是从后壁心肌梗死的早期诊断写起,势必造成文章杂乱,使主题不明。
收集文献,整理资料
写作前应该对写作中所涉及的基本理论有个比较全面的认识,在此基础上全面收集相关的文献,整理有关的文献资料。通过查阅文献,应该清楚该专题研究已经进行的动态和观点,并把这些材料中所用的部分整理好,心里明确目前在这项研究及实践中有哪几种观点,相同之处及不同之处,并要结合与自己得出的结果与结论有什么相同与不同。以准备在写文章时引用,如何引用,又如何解释。在写文章上,也存在知已知彼,才能使自己的立场站稳。避免在写作过程中,一边写作,一边收集材料。这样不但容易打断思路,而且容易造成内容重复,相互重叠,甚至出现相互矛盾。还容易动态不清,内容不全,而使文章归于失败。所以,写作前要把有用的材料、数据、参考文献及其主要观点、证据都要事先找到手边,或摘录成卡片。资料备齐后,再安排文章的层次结构,审查所用资料的科学性。真正准确无误后,再进行文章的构思,拟定写作提纲,逐步开始文章的写作。
直接资料的收集
一般认为,所收集的资料包括两大类,一类为前人既往的工作状况资料,即间接资料;另一类为自己试验及实践中所得出的数据、观点等,即直接资料。这里讲直接资料的收集。
直接资料的收集和处理的过程应该是文章的中心,也是最能体现文章的科学性,最具说服力的。也能完全体现出一个作者的科学态度。
做好科研实验中的记录、资料积累工作
在科学实验中,必须加强原始资料记录、保管工作,随时记录观察实验的结果,作好原始记录的积累工作。在进行临床性的科学研究中,也需要从研究的一开始就做好材料的登记工作。要做好登记、统计工作,需要事先印制好观察指标、疗效登记表。从病例等临床资料中摘取必要的内容,随时填入原始记录表内。
原始记录要做到真实、客观、准确、可靠,反对弄虚作假,任意删改等有意作弊现象,避免加入主观成分。这一点,应该说是作为科技人员的最基本的素质。对于实验中所取得的结果,不论是阳性 ,还是阴性;也不管是符合预期的愿望,或是不符合预期的愿望都要忠实记录。不加入主观成分,不凭个人的愿望取舍材料。在材料的记录工作中,还要养成一次完成,不重抄、转记的习惯。要注意资料的准确性和完整性,使其符合科研设计规定,用词准确,含义清楚。
此外，更要注重论文的写作步骤，一步一步按着论文的写作步骤来进行操作。
一、资料的准备
1.围绕课题收集资料和研究资料
收集资料分三步：①根据研究课题选择检索工具;②确定检索方法;③查阅原始文献。
收集资料时应注意下列内容：①在方法上沿用前人的，或在前人的基础上加以改进的;②在理论认识上支持本文观点的;③前人研究的结论与自己文章所述不同，需要加以说明的;④前人对本文所研究的问题存在争议和正在探讨的。
2.对研究材料的准备工作
①对材料的取舍和整理;②对实验观察数据资料的分析处理;③合理选用适当的图、表和照片等。
3.提炼观点，明确结果，提出结论
根据有关文献资料和实验观察所得的资料，重新核对试验设计中包含的思想，运用辩证唯物主义的观点，进行分析：①哪些观点在理论上成立，在试验中得到证实;②哪些观点在试验中没有得到证实，需要修改;③哪此现象和指标超出原来设想，可能有新的启示，需要进行新的分析。
二、确认论文类型
医学论文是探索疾病、病理、药物试剂或者新的医疗技术的一类有助于人类健康生活的论文，因而这类论文只要能为人们健康生活带来帮助的文章大都能发表，但有四种是最常见也是最容易发表的：医学论著、病例报道、病例序列和医学综述。
第一类：original artical 论著
它分一个基础性和临床性文章，基础性文章就我国现在普遍在发的文章，属于前瞻性的一个研究，通俗的一个说法就是我们假设一个思路，然后通过实验来得出一个结论来证明我这个思路，得出的结果两种情况一个是阳性(符合我的思路)一个是阴性的(不符合)大家不要认为阴性的结国就发不了SCI，阴性的同样可以发上SCI，可以想象它告诉了我们这样的思路是的不出来这样的结果，也是对国际科研的一个贡献。
临床性文章我们用的比较少，因为我们临床医生大多数都很忙也没有时间，很少医生会致力于临床研究。至于文章的格式和字数要求，一般情况下是 3500 字到 5000 字左右，20 到 35 篇参考文献(尽量全部英文的最好就是SCI期刊出版的文章，提升自己的文章水平)。
具体的要求要看你投哪个期刊了，一个期刊有一个期刊的要求，你需要去访问要投的期刊的主页查找 Instruction to author, 会讲的很清楚。不管是基础性文章还是临床性文章都要了解你自己这篇文章的属性，哪些期刊对你属性的文章很感兴趣和不感兴趣，这个很重要，要不乱投会很容易被期刊拒掉的。
第二类：case report 病例报道
病例报道是我们临床老师很喜欢用到的，都觉病例报道比临床文章容易发，800 到 1500 个字，8 到 10 篇的参考文献就可以了，但是麻雀虽小五脏俱全。SCI 期刊接受病例报道必须满足以下三点中其中之一就可以。
如果都不满足是投不上的(1)病例报道必须是首例的一个报道(2)必须是罕见的，具有独特性的。(3)报道出来后能够证明某个专家的假说或者理论的。当然SCI的病例报道在写的方面要具备五点，缺一不可。一是病人进到科室里他的一个症状是什么样的，二是医生是同过什么样的方法来检测这个病的，三是现在病人出现了这么多这么多的一个情况医生是如是治疗的。四是治疗的结果怎么样。五是要个跟踪，病人出院是个什么样的情况，三个月以后又是个什么情况。这五点都要写到。我们国内的医师大多数写病例报道的时候都会少个一两项。
第三类：case serise 病例序列
病例序列是三个病例以上的报道，这个建议大家没有一定的把握不要尝试，它牵涉到一个生物统计里面最难的 META 分析，这个是非常难得，基本上国内很少能找到会做 META 分析的医师，在国外学成的基本上被国外留下来了，回国的很少。所以没有把握不要去尝试它。
第四类：review article 综述
这里要注意SCI的综述不是我们平常博士或者硕士论文里面的综述，SCI 的综述不是一般人发的，它一定是江湖上非常有地位的人发的，比如少林和武当的掌门人。而且是期刊的邀稿的形式，比如期刊会给国际上骨科的权威发信说某某教授能不能对今年骨科领域的一个发展进行一个概括或是未来发展的一个预期。我们就不要想了。
三、拟定提纲
提纲是论文的轮廓，应尽量写得详细些。根据拟定的内容不同可划分为标题式提纲和提要式提纲。
标题式提纲：以简明的标题形式把文章的内容概括出来，用最简明的词语标示出某部分或某段落的主要内容。
提要式提纲：是在标题式提纲的基础上较具体地概括出各个层次的基本内容，实际是文章的缩写。
四、拟写草稿
1.顺序写作法：按照医学论文的规范体例或提纲顺序阐述自己的观点，分析实验数据。
2.分段写作法：论文的中心论点已明确，但对某一层次的内容没有考虑成熟，可先写已成熟的段落，不受顺序的先后限制，采取分段写作，最后依次组合而成初稿。完成全文后，需进行前后对照检查，使全文风格一致，层次清楚，衔接紧密。
五、修改
修改是对初稿内容的进一步深化和提高，对文字进一步加工和润色，对观点进一步订正。
修改过程中需注意下列问题：1.文题是否相符;论点是否鲜明;2.论据是否充分;论证是否严密;3.布局是否合理;结论是否科学客观;4.用词是否符合医学术语;5.文稿是否符合医学写作规范或稿约。
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