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【Science重磅】合成生物学是未来!重建植物生物合成途径实现疫苗佐剂的可持续供应

2023/3/28 10:07:10  阅读:388 发布者:

以下文章来源于Mol Plant植物科学 ,作者供稿者 | Claudia

佐剂(adjuvant)添加到疫苗中后,可非特异性地增强机体对该抗原的免疫应答,又称为非特异性免疫增强剂。长期以来,临床使用的佐剂为铝盐或角鲨烯乳液,但效果差副作用大。自上世纪天然表面活性剂(皂苷)被用作兽药的佐剂。最近第一个皂苷佐剂 AS01被批准用于人类带状疱疹疫苗Shingrix和疟疾疫苗MosquirixAS01是由单磷酰脂质 A 和皂苷QS-21构成,二者协同作用增强了抗体和辅助 T 细胞反应。QS-21只是智利皂皮树产生的100多个皂苷之一,它与QS-7QS-17一起被用于Novovax的新冠疫苗 NVX-CoV2373 中。尽管皂苷佐剂效果好,但由于其化学结构的复杂性,目前QS皂苷的唯一来源仍是皂皮树中提取。

20230324日,Science在线发表了英国约翰英纳斯中心Anne Osbourn团队及其合作者题为“Elucidation of the pathway for biosynthesis of saponin adjuvants from the soapbark tree”的研究论文。该文解析了智利皂皮树基因组的基础上,通过基因组数据挖掘结合烟草瞬时表达,首先鉴定出合成QS中间体的16种酶,并达到了制备级水平,彰显了植物瞬时表达系统的强大;接着阐明了疫苗佐剂QS-7的合成过程,在异源烟草中QS-7的含量已达到了皂皮树中除树皮外的其他组织的同等水平。本研究为开发“环境友好”“free-from-tree”的免疫佐剂生产方式与新的免疫佐剂分子奠定了基础。

疫苗在传染病预防中取得了巨大的成功。疫苗通常需要一种佐剂来增强对抗原的免疫应答反应。但迄今为止,只有少数佐剂被批准用于人类疫苗。智利皂皮树(Quillaja saponaria)中的三萜糖苷(皂苷,QS)具有激活抗体和细胞免疫反应的双重功效,是一种优良的佐剂,如QS-21, QS-17, QS-7均已被用于疫苗佐剂,其中QS-7QS-21具有相同的母核,但在C-28的修饰不同。由于它们化学结构的复杂性,目前唯一的来源是从皂皮树的树皮中提取,但由于皂皮树有100多种QS,提取后还需要进一步分离纯化,这给环境与植物资源保护、生产应用都带来了困难。因此,解析QS的生物合成途径将为深入了解皂苷的合成与演化提供新的见解,并为佐剂的异源合成、免疫激活特性与毒性的优化提供了可能。

皂皮酸(Quillaic acid)骨架的生物合成

三萜的前体类异戊二烯2,3-氧化鲨烯(1)2,3-Oxidosqualene)环化后可形成100多种不同骨架,其中β-香树素(2)(β-amyrin)最常见。QS-7QS-21QS-17的母核是皂皮酸(5)(QA)QA(2)C-16α、C-23C-28的位置氧化后的产物。因此,在研究皂皮树中皂苷的合成之前,首先要找到β-香树素合成和氧化所需的酶。

千种植物转录组计划(1,000 Plants Project1KP)中已有皂皮树叶片转录组数据,使用甘草的β-香树素合酶GgbAS1调取皂皮树中同源基因,并通过烟草瞬时转化体系进行功能验证,最终获得皂皮树β-香树素合酶基因QsbAS1。接下来要β-香树素的氧化酶,已知的三萜氧化酶大都属于细胞色素P450家族,其中CYP716分支通常参与了三萜中C-28C-16α的氧化。以已报道的具有C-28氧化活性的蒺藜苜蓿中CYP716A12为诱饵,检索皂皮树中同源基因,其中CYP716A224QsbAS1共表达几乎将β-香树素完全转化为齐墩果酸(Oleanolic acid),CYP716A297将产物进一步氧化为新产物棘囊酸(4),作者从皂皮树转录组中余下的35个全长CYP中筛选到CYP714E52能接着将产物氧化为QA(图1),在烟草中进行大规模瞬时表达,纯化了约30毫克QA

1.QA合成途径重建

皂皮树染色体水平(pseudochromosome-level)的基因组组装

植物特异性代谢途径的基因通常是共表达并共定位或“聚集”在基因组上 。共表达分析需要不同组织或处理的RNA-seq数据,而生物合成基因簇的发现依赖于基因组,因此作者对皂皮树进行了转录组和基因组测序。皂皮树基因组大小为411 Mbp,由28条染色体构成,单倍体为14。在不同的皂皮树组织中,QA合成基因高度共表达,在叶原基中最高,老叶中最低,可以作为挖掘QS下游候选基因的参照。plantiSMASH预测皂皮树基因组中有51个生物合成基因簇(BGCs),其中34个是与“糖类”或“萜烯”类有关。四个QA生物合成基因并不在一起,而其CYP716A297位于糖类BGC附近(簇45),其中一些基因与CYP716A297的表达特征类似,推测其功能可能相关(图 2

2. 皂皮树的基因组和转录组数据

添加C-3糖链

解析了QA 合成途径后,接下来要寻找QAC-3C-28位糖基化修饰的酶。催化植物天然产物糖基化的酶通常属于糖基转移酶1 (GT1) 家族,也称为UDP依赖性糖基转移酶 (UGT)。通过对皂皮树基因组UGT基因检索,分析其与QsbAS1的共表达及其在叶原基中的绝对表达水平,筛选到20UGT基因。其中共表达系数最高的Qs0321930Qs0321920,连同第三个共表达的UGT基因Qs0321940都位于图2所示的BGC中,该基因簇还包含了类纤维素合酶(CSL)基因Qs0321900。另一个CSL基因Qs0000870虽然不在基因簇中,但与QsbAS1共表达系数很高,暗示其可能参与QS途径。

将两个CSL基因分别与四个QA合成基因共表达,发现它们均催化QA合成了3-O-{β-D-吡喃葡萄糖醛酸}-QA6;缩写为QA-Mono),由于它们属于CSL-M亚家族,被命名为 CSLM1CSLM2。接着检测UGT糖基化QA Mono的能力。Qs0123860QA合成基因和 CSLM1共表达,检测到3-O-{β-D吡喃半乳糖基-(12)-β-D-吡喃葡萄糖醛酸}-QA7;缩写为QA-Di)新产物的产生。因此,Qs0123860 (UGT73CU3)编码了一个能在C-3位添加第二个糖的QA-3-O-葡糖苷酸-β-1,2-半乳糖基转移酶。Qs0283870(UGT73CX1)编码了木糖基转移酶,Qs0283850 (UGT73CX2)编码了鼠李糖基转移酶,催化QA-Di分别合成3-O-{β-D-吡喃木糖基-(13)-[β-D-吡喃半乳糖基-(12)]-β-D-吡喃葡萄糖醛酸}-QA8;简称QA-TriX)和3-O-{α-L-吡喃鼠李糖基-(13)-[β-D-吡喃半乳糖基-(12)]-β-D-吡喃葡萄糖醛酸}-QA (9; 简称QA-TriR)

添加C-28糖链

QS-7QS-21QS-17具有相同母核,由QA骨架、C-3糖链和C-28 位由D-岩藻糖、L-鼠李糖、D-木糖组成、D-芹菜糖构成四糖链组成。

研究表明C-3糖基化可能先于C-28位置(图 3)。UGT基因Qs0321930(UGT74BX1)QsbAS1高度共表达且基因簇45中,它催化D-岩藻糖通过酯键链接到8号产物的C-28位,形成10(缩写为 QA-TriX-F)。Qs0321920UGT91AR1)与QsbAS1高度共表达,与UGT74BX1相邻,也位于基因簇45中,它编码鼠李糖基转移酶,催化10生成QA-TriX-FR(12)Qs0234120 (UGT91AQ1)C-28 木糖基转移酶产生QA-TriX-FRX(14)

3. QS-7QS-21QS-17结构

QAC-3糖苷相比,C-28糖苷产量极低微量,前体QA-TriX大量积累,说明从QA-TriXQA-TriX-F的转换效率极低,是C-28糖苷合成的瓶颈。基因簇45还包含两个短链脱氢酶/还原酶(SDR) 基因。其中Qs0321910紧邻UGT91AR1并具有相似的表达模式。糖核苷酸互变酶是SDR家族成员。将SDRQA-TriX-F的合成酶基因共表达QA-TriX-F水平大幅增加,表明SDRQAD-岩藻糖基化中起了重要作用。接着利用SDR来尝试生产新的UGT产物。我们先前获得的QA-TriR大约是QA-TriX的两倍,因此使用QA-TriR骨架进行C-28苷化修饰。UGT74BX1UGT91AR1UGT91AQ1依次催化QA-TriR产生QA-TriR-F(11)QA TriR-FR(13)QA-TriR-FRX(15)C-28位四糖支链的末端可以是D-木糖或D-芹菜糖。Qs0234130(UGT73CY3) Qs0234140(UGT73CY2)位于7号染色体基因簇31中,与先前表征的位于11号染色体基因簇45中的C-28木糖基转移酶UGT91AQ1存在共线性关系,推测可能有共同的进化起源和是基因组复制的结果,催化QA-TriR-FRXC-28末端分别加上一个木糖基或芹菜糖基,产生QA-TriR-FRXX(17)QA-TriR-FRXA(19)Qs0088320(QsAXS)编码了UDP-D-芹糖/UDP-D-木糖合酶基因,尽管它与QA合成基因没有共定位,但与QsbAS1有强烈的共表达。将它与Qs0234130Qs0234140共表达后,产物显著增加(~11倍)。至此鉴定的所有合成路径如图4所示,约有三分之一的QS皂苷来源于这些骨架,是使皂苷多样化的一个重要的分支。

4. 产物16-19的全部合成途径

进一步合成QS-7的三个步骤

合成QS-7需要对18C-28糖链进行三步额外修饰,添加L-鼠李糖、D-葡萄糖,以及乙酰基。将18与葡萄糖基转移酶Qs0321940 (UGT91AP1)、乙酰基转移酶Qs0206480 (QsACT1)、鼠李糖基转移酶Qs0023500(UGT73B44)共同孵育,成共催化产生QS-7皂苷(图 5)。其中只有UGT91AP1位于11号染色体基因簇45中,并与已知的QS基因共表达。QS-7在烟草中的含量达到了7.9 毫克/克干重,这几乎与皂皮树除树皮以外的其他组织中的含量相当。因此,我们成功地阐明QS-7的合成通路并在异源宿主烟草中重组了该途径。

5. QS-7的合成

结论

本文表征了14个酶基因,催化了皂皮树中高级中间体七糖苷化三萜糖苷16, 17, 18,19的合成。使用瞬时植物表达平台,作者成功异源合成QSQAQA-TriR-FRXA的途径中间体,并以纯化得到了毫克量级别,展示出瞬时植物表达体系在快速生产这些分子中的强大实力。进一步阐明了疫苗佐剂QS-7的制备途径。与QS-21不同,QS-7的细胞的毒性可以忽略不计,但在皂皮树的树皮提取物中含量极低。尽管在烟草中QS-7的含量也很低,但该工作首次开启了异源生产QS-7和其他QS皂苷的可能性。皂皮树的完整基因组序列和转录组资源,为解析QS-21和其他QS皂苷的合成打下了基础。综上所述,这些优势为研究QS皂苷结构与佐剂活性的关系带来可能,最终通过代谢工程设计出具有最佳的免疫刺激活性和低毒性的皂苷。

来源:MP植物科学

转自:iPlants”微信公众号

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