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用Material Studio构建稍微复杂的表面模型:一个根号3×2的pt(111)表面

2023/3/9 16:23:52  阅读:177 发布者:

做表面的小伙伴挺多的,这里我给大家介绍一点经验,简单点表面构建法就不介绍了,本文介绍用Material Studio构建稍微复杂的表面模型,一个根号3×2pt111)表面

MS Modeling制作slab模型结构图

1. 打开MS modeling,建立一个项目,如test

2. 右击test项目,在下拉菜单中选择import,在弹出的菜单中选择Structures/metals/pure-metals/Pt;

3. 在主菜单中的Build选择surfaces/Cleave surface,

4. 在弹出的菜单中处理数据

i)在surface box界面下

a)你所要做的表面,如[111];  也就是将cleave plane [h k l]修改成 [1 1 1]

b) 修改深度,即将depth修改成你所需要的原子层数, 如4

ii)在options界面下

Orientation standard选项改成U矢量沿x轴方向,Vxy平面

iii)在surface Mesh的界面下

修改U,V矢量。

如保持U不变,将V矢量修改成 0.5 0.5 -1

5. 点击cleave,产生一个[1 1 1]的表面模型

6. 在主菜单中的Build选择Crystals/Build Vaccum Slab

7. 在弹出的菜单中修改相应的参量,比如将真空厚度修改成14angstrom, 点击build产生一个Slab模型;

8. 在主菜单中的Build选择Symmetry/supercell,将单胞修改成你所需要的大小,如将A修改成2,点击Create supercell

这样产生了你所要的表面

在该表面,你可以非常简单的看出hcpfcc的差别,以及topbridge位置。

如果你需要产生vaspposcar文件,那么你可以从ms模块导出这个文件为.car文件(它是卡迪尔坐标),简单进行处理下就变成vasp了。

比如我这里有个。car坐标:

  Quote:

!BIOSYM archive 3

PBC=2D

Materials Studio Generated CAR File

!DATE Thu Nov 16 09:42:17 2006

PBC    11.5352    4.9949   90.0000(p 1)

Au1      0.000000000    2.679917131   -2.354607603 XXXX 1      xx      Au  0.000

Au2      5.767587171    2.679917131   -2.354607603 XXXX 1      xx      Au  0.000

Au3      2.883793586    2.679917131   -2.354607603 XXXX 1      xx      Au  0.000

Au4      8.651380757    2.679917131   -2.354607603 XXXX 1      xx      Au  0.000

Au5      1.441896793    0.182478626   -2.354607603 XXXX 1      xx      Au  0.000

Au6      7.209483964    0.182478626   -2.354607603 XXXX 1      xx      Au  0.000

Au7      4.325690379    0.182478626   -2.354607603 XXXX 1      xx      Au  0.000

Au8     10.093277550    0.182478626   -2.354607603 XXXX 1      xx      Au  0.000

Au9      1.441896793    1.847437629    0.000000000 XXXX 1      xx      Au  0.000

Au10     7.209483964    1.847437629    0.000000000 XXXX 1      xx      Au  0.000

Au11     4.325690379    1.847437629    0.000000000 XXXX 1      xx      Au  0.000

Au12    10.093277550    1.847437629    0.000000000 XXXX 1      xx      Au  0.000

Au13     0.000000000    4.344876134   -0.000000000 XXXX 1      xx      Au  0.000

Au14     5.767587171    4.344876134    0.000000000 XXXX 1      xx      Au  0.000

Au15     2.883793586    4.344876134    0.000000000 XXXX 1      xx      Au  0.000

Au16     8.651380757    4.344876134    0.000000000 XXXX 1      xx      Au  0.000

end

end

要转换成vasp,程序是:

CODE:  [Copy to clipboard]

parameter(nsum=16,nsun=0,n=16)

real x(n),y(n),z(n)

real lx(3),ly(3),lz(3)

real lattice

character p

character*18 selective

character*6 direct

lx=0.0

ly=0.0

lz=0.0

lattice=4.64

lx(1)=  11.8800/lattice

ly(2)= 6.5761/lattice

lz(3)= 15.8554/lattice

open(1,file=Au (1 1 1) (4).car)

do i=1,5

read(1,*)

enddo

do i=1,n

read(1,*)p,x(i),y(i),z(i)

enddo

do i=1,2

read(1,*)

enddo

close(1)

open(2,file=POSCAR)

write(2,*)rutile.TiO2(110)

write(2,15)lattice

15 format(f15.8)

write(2,16)lx

write(2,16)ly

write(2,16)lz

16 format(3f15.8)

write(2,17)nsum,nsun

17 format(2I5)

Selective=Selective dynamics

direct=direct

write(2,171)Selective

write(2,172)direct

171 format(A18)

172 format(A6)

do i=1,n

write(2,18)x(i)/lx(1)/lattice,y(i)/ly(2)/lattice,z(i)/lz(3)/lattice

18 format(3f15.8,”   T   T   T)

enddo

close(2)

end

那么产生的poscar文件:

  Quote:

rutile.TiO2(110)

4.64000000

2.56034500      .00000000      .00000000

.00000000     1.41726300      .00000000

.00000000      .00000000     3.41711200

16    0

Selective dynamics

direct

.00000000      .40752380     -.14850510   T   T   T

.48548710      .40752380     -.14850510   T   T   T

.24274360      .40752380     -.14850510   T   T   T

.72823070      .40752380     -.14850510   T   T   T

.12137180      .02774876     -.14850510   T   T   T

.60685890      .02774876     -.14850510   T   T   T

.36411530      .02774876     -.14850510   T   T   T

.84960250      .02774876     -.14850510   T   T   T

.12137180      .28093210      .00000000   T   T   T

.60685890      .28093210      .00000000   T   T   T

.36411530      .28093210      .00000000   T   T   T

.84960250      .28093210      .00000000   T   T   T

.00000000      .66070720      .00000000   T   T   T

.48548710      .66070720      .00000000   T   T   T

.24274360      .66070720      .00000000   T   T   T

.72823070      .66070720      .00000000   T   T   T

转自:“萤火科研”微信公众号

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