中科院北京基因组所张治华团队发布基于三维基因组数据的增强子-启动子互作预测平台

细胞内染色质高度折叠，形成多层次的复杂三维结构，其中，环状结构可能是增强子-启动子互作(EPI)的主要形式。预测增强子-启动子互作是许多分子生物学研究的第一步。近年来，Hi-C等高通量染色质构象捕获技术成为获取包括染色质环在内的3D基因组结构信息的常用方法。虽然已有多种染色质环识别算法能够从Hi-C数据中预测增强子-启动子互作，但不同工具间预测结果差异较大，缺乏可靠的定量比较。因此，探索新的增强子-启动子互作预测算法，获得可靠的增强子-启动子互作预测十分必要。

2023年2月22日，Journal of Genetics and Genomics在线发表中国科学院北京基因组研究所(国家生物信息中心)张治华研究员团队题为“Delta.EPI: a probabilistic voting-based enhancer-promoter interaction prediction platform”的方法型论文。该论文发布了一个基于概率投票算法，从Hi-C数据预测增强子-启动子互作的在线服务平台Delta.EPI (https://ngdc.cncb.ac.cn/deltaEPI/)。

Delta.EPI平台可结合海量公开发表的Hi-C数据和四种主流染色质环预测工具，提供最终的预测结果。用户可通过DNA序列、基因名字或者基因位置等基本信息，快速查询与之相关的增强子-启动子互作预测结果。基于概率投票算法和数据整合统计模型，Delta.EPI综合评估了四种主流染色质环预测工具，并根据置信度对预测结果进行排序，研究人员可以依据该置信度排序信息，选取合适的增强子-启动子互作预测进行后续研究。

Delta.EPI网站简介

A：网站功能概览；B：收录数据统计；C：结果表格及可视化页面展示

作者简介

中国科学院北京基因组所(国家生物信息中心)实习生张昱阳(中国科学院大学本科生，现为清华大学硕士研究生)为该论文第一作者,张治华研究员、唐碧霞工程师及张庆助理研究员为共同通讯作者。相关工作得到科技部专项和重点项目、北京市自然科学基金、国家自然科学基金、中国科学院战略重点项目和北京市先进学科基金等资助。

引用本文

Yuyang Zhang, Haoyu Wang, Jing Liu, Junlin Li, Qing Zhang, Bixia Tang, Zhihua Zhang (2023). Delta.EPI: a probabilistic voting-based enhancer-promoter interaction prediction platform. Journal of Genetics and Genomics.

DOI：10.1016/j.jgg.2023.02.006

本文转载自JGG 遗传学报

转自：“植物生物技术Pbj”微信公众号

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