实用！周雪平/李飞团队合作构建双生病毒-植物-昆虫数据库

以下文章来源于Mol Plant植物科学 ，作者XuePing Zhou

中国农科院植保所周雪平教授团队联合浙江大学李飞教授团队构建了双生病毒-植物-昆虫数据库GPIBase（Geminiviridae-Plant-Insect Database）。2023年2月21日，研究成果“GPIBase: A comprehensive resource for geminivirus-plant-insect research”在线发表于 Molecular Plant。该数据库提供了最完整的双生病毒、病毒寄主信息、病毒媒介遗传信息，病毒-植物-昆虫互作信息以及多种在线工具，可实现相关文献同步更新，并初步搭建了国际双生病毒研究人员社区。

https://doi.org/10.1016/j.molp.2023.02.007

双生病毒科（Geminiviridae）病毒是全球范围内危害植物最严重的病原物之一，也是植物病毒中唯一具有孪生颗粒形态的单链环状DNA病毒，为双连体结构。双生病毒有500多种，可通过烟粉虱、叶蝉和蚜虫等传播，侵染多种重要经济作物，如棉花、番茄、烟草、木薯及各类瓜果等，在全世界农作物上引起严重病害，造成重大经济损失。

图1. GPIBase主页（数据库网址：http://gpi.geminiviridae.com/）

GPIBase共包括五大主要模块：

1）“Browse”：包括双生病毒、病毒宿主、病毒寄主以及病毒伴随卫星β信息的完整搜索与下载，同时详情界面提供了全面的基础与遗传信息；

2）“Network”：将病毒-植物-昆虫的互作关系通过网络结构进行可视化，直观分析不同病毒、宿主和寄主的关系；

3）“Phylogeny”：基于双生病毒全基因组序列比对，构建了目前最为全面的双生病毒科的系统发育关系；

4）“Tools”：提供了BLAST功能进行病毒基因蛋白的比对与搜索；

5）“Literature”：及时更新双生病毒相关的研究进展，同时通过分析双生病毒文献作者，初步构建了国际双生病毒研究人员社区。该数据库为双生病毒的后续研究提供了便捷和重要基础。

图2. GPIBase数据主要模块与框架

浙江大学王亚琴副研究员、博士生梅洋为论文第一作者，中国农科院植保所周雪平教授与浙江大学李飞教授为论文共同通讯作者，博士生苏晨露、王作奇、博士后胡涛参与了本项目的研究，浙江大学刘树生教授、中国农科院植保所李方方研究员及湖州师范学院王占旗副教授对本研究提供了支持，本研究得到国家自然科学基金重点项目及国家重点研发计划青年科学家项目的资助。

通讯作者介绍：

周雪平, 中国农业科学院植物保护研究所植物病虫害生物学国家重点实验室主任。长期从事植物病毒病害研究，系统调查了我国双生病毒的发生分布，阐明了双生病毒及卫星DNA的致病机理，创制了病毒快速检测技术及检测试剂盒并已广泛引用于水稻等作物病毒病的早期诊断、监测预警与防控。在Nature Communications、Trends in Plant Science、Molecular Plant、Plant Cell等杂志发表论文300余篇，获国家自然科学奖二等奖1项、国家科学技术进步奖二等奖1项，获何梁何利基金科学与技术进步奖、中华农业英才奖、全国创新争先奖状。

李飞，浙江大学求是特聘教授。主要从事昆虫基因组学和生物信息学研究工作，构建与维护昆虫基因组数据库、开发和优化相关生物信息学算法。在Cell research, Molecular Biology and Evolution, Nucleic Acids Research, Nature Communications等杂志发表论文100余篇。担任Insects等杂志编委，获教育部新世纪优秀人才、全国百篇优秀博士论文。

转自：“iPlants”微信公众号

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