研究揭示瓜类病原真菌抗性的遗传机制！

以下文章来源于Ad植物微生物 ，作者周小马

由于最近长读长测序的成本的降低和质量的提高，现在可以在特定的研究基础上产生参考质量的基因组。在最简单的情况下，遗传学家可能想从双亲那里获得基因组，对双亲图谱群体进行基因分型。对于传统的重组近交系（RIL）群体，这种方法将揭示在群体中分离的所有遗传变体，并为骨干的单倍型创造一个完整的参考。这些数据将不可避免地帮助确定相关区间内候选基因的优先次序，特别是当存在/缺失变异发挥作用时。骨干组装也将增加来自后代样本的正确比对读长的数量，并提高下游过滤的比对质量分数的准确性。本研究的一个主要目的是研究这些理论上的优势在多大程度上反映在基因分型的准确性上，最后是遗传分辨率和解释。

2022年12月22日，国际权威学术期刊Nature Communications发表了克莱姆森大学William Wechter团队的最新相关研究成果，题为Graph-based pangenomics maximizes genotyping density and reveals structural impacts on fungal resistance in melon的研究论文。

实验种群中分离的基因组序列往往与群落参照物和相互之间有很大差异。在各种基于短读长的基因分型策略下，这种分歧是有问题的。此外，巨大的结构差异往往是不可见的，尽管它是因果变异的有力候选基因。这些问题在具有较少、较低质量的序列资源的特殊作物育种项目中变得更加严重。在这篇文章中，科研人员研究了基于长读长组装的完整基因组信息在非模式作物甜瓜（Cucumis melo）众多抗病位点分离的双亲匹配实验中的益处。发现，基于图形的方法，使用两个亲本基因组，使整个群体中可调用的变体增加了19%，原始等位基因调用的错误率降低了2-3倍，甚至相对于使用一个亲本基因组的单一参考方法。科研人员表明，结构变异在塑造两个具有已知致病基因的镰刀菌枯萎病抗性位点方面发挥了重要作用。科研人员还报告了白粉病抗性的遗传学，其中拷贝数变异和局部重组抑制可以通过亲本基因组比对直接解释。即使在这个低分辨率的双亲实验中观察到的好处，也将不可避免地在更复杂的种群中被放大。

转自：“植物生物技术Pbj”微信公众号

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