通过在全国范围内的积极监测，结合在线数据挖掘，已有研究表明编码RND(resistance-nodulation-division)家族外排泵的多重耐药外排泵基因簇（tmexCD-toprJ）的肺炎克雷伯菌已在多种临床重要病原体中传播，包括假单胞菌、克雷伯氏菌、气单胞菌和变形杆菌。
最近，在中国的患者、动物和食物样本中广泛发现tmexCD1-toprJ1的K型肺炎，引起了多重耐药，特别是对多重耐药肠杆菌科的最后一线抗菌素之一替加环素。目前发现10种肺炎克雷伯菌序列型（ST）携带tmexCD-toprJ基因簇，包括ST1、ST11、ST147、ST15、ST2667、ST273、ST2909、ST3447、ST490和ST571。
2022年11月24日，齐碳科技杜鹏程与北京大学沈宁共同通讯（北京大学为第一单位）在 Lancet Microbe（IF=86）在线发表题为“Dissemination of the mobilised RND efflux pump gene cluster tmexCD-toprJ among Klebsiella pneumoniae”的研究成果，该研究利用齐碳纳米孔基因测序平台，对临床新出现的携带tmexCD-toprJ的肺炎克雷伯菌进行了广泛研究，这是对其流行病学研究的有效补充。
细菌耐药性问题已成为一个世界性的难题。质粒等可移动元件介导的耐药基因水平传播所致革兰阴性菌耐药性的快速出现和散播，引起全球高度关注。
此次北医三院、清华长庚医院团队基于齐碳纳米孔基因测序平台的研究，报告了历经2017年1月至2022年4月的长期监测临床K型肺炎分离株中tmexCD-toprJ 的一些新发现。
首先，在1484株临床分离株中，发现了3株新的携带tmexCD1-toprJ1的STs菌株，包括一个耐药ST22克隆(11株)，同时携带blaKPC-2和blaNDM-1，一个耐多药ST3691分离株和一个耐多药ST37分离株，占1484株的13株(0.88%)。这些菌株对替加环素表现出耐药，最低抑菌浓度为4 ~ 24 mg/L。
其次，研究人员还发现1株替加环素敏感的ST11型菌株携带了5‘端发生缺失的tmexD1基因和toprJ基因，而tmexC1基因完全缺失。这表明只有完整的tmexCD1-toprJ1基因簇才能介导替加环素耐药，与张嵘教授等【1】在其研究中发现通过敲低tmexD基因表达可降低菌株替加环素耐药性的结果一致。
第三，该临床ST11分离株在系统发育上与医院流行的ST11分离株不同，但属于一个分支，该分支包含两个来自养鸡场苍蝇的分离株，三个tmexd1 - toprj1阳性猪分离株和其他三个人分离株。此外，该ST11分离物中含有5'截断的tmexD1-toprJ1片段的质粒与零售猪肉ST147分离物中含有完整的tmexD1-toprJ1的质粒高度相似克隆复合体258主要由ST258和ST11组成，广泛存在于医院、社区和畜牧业中，在中国屠宰场中也分离到tmexd1 - toprj1阳性的ST11。这些结果表明临床tmexd1 - toprj1阳性的K肺炎与食用动物和相关环境的K肺炎密切相关。
携带tmexCD1-toprJ1基因簇的ST型（图源自Lancet Microbe ）
总的来说，该研究是对tmexcd1 - toprj阳性K肺炎流行病学的有意义的补充，表明tmexCD-toprJ已经广泛传播。在“One Health”的基础上，迫切需要在卫生保健机构、食用动物生产行业和社区对这种抗微生物微生物进行积极的系统监测。
参考文献：
[1]Dong N, Zeng Y, Wang Y, Liu C, Lu J, Cai C, Liu X, Chen Y, Wu Y, Fang Y, Fu Y, Hu Y, Zhou H, Cai J, Hu F, Wang S, Wang Y, Wu Y, Chen G, Shen Z, Chen S, Zhang R. Distribution and spread of the mobilised RND efflux pump gene cluster tmexCD-toprJ in clinical Gram-negative bacteria: a molecular epidemiological study. Lancet Microbe. 2022 Nov;3(11):e846-e856.
原文链接：
https://doi.org/10.1016/S2666-5247(22)00325-1
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