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作者 / 七八分
公众号 / 叮当学术
今天在GitHub上看到了一个PyMOL的ChatGPT插件，可将OpenAI 的 GPT-3.5-turbo 模型集成到 PyMOL 中，方便我们在PyMOL中使用ChatGPT获取PyMOL的使用方法、解释等，再也不用担心记不住PyMOL的命令啦~���
项目地址：
https://github.com/JinyuanSun/ChatMol
下面笔者为大家介绍该插件的安装和使用方法。
1️⃣首先，下载插件脚本“chatmol.py”，并将其保存在任意合适的位置，下载地址如下：
https://github.com/JinyuanSun/ChatMol/blob/main/chatmol.py
2️⃣安装OpenAI的Python包
pip install openai
3️⃣在PyMOL中运行ChatGPT
打开PyMOL，在命令行输入：
run /path/to/chatmol.py
注：需要替换/path/to为脚本的实际路径
插件安装完成后，还需要设置一下Open AI的API密钥，密钥的获取方法笔者在之前的笔记中已经分享过了，需要的小伙伴可以翻看以前的笔记或者自行搜索一下。设置密钥时，在PyMOL的命令行输入以下命令：
set_api_key your_api_key_here
注：以上命令中需要替换your_api_key_here为自己实际的API 密钥。
配置好后就可以在PyMOL中使用ChatGPT了，只需使用“chatgpt”命令，后面跟上提问的问题就可以了。比如：
chatgpt "How do I align two proteins?"
可得到回答：
ChatGPT: To align two proteins in PyMOL, you can use the `align` command. This command aligns two structures based on their alpha-carbon atoms. Here's an example code snippet that demonstrates how to align two proteins:
```
# Fetch two proteins
fetch 1ake, async=0
fetch 1tim, async=0
# Align the two proteins
align 1ake, 1tim
# Visualize the aligned proteins
show cartoon
color red, 1ake
color blue, 1tim
```
In this example, we first fetch two proteins (`1ake` and `1tim`) using the `fetch` command. Then, we use the `align` command to align the two proteins. Finally, we visualize the aligned proteins using the `show` and `color` commands.
Note that the `align` command requires that the two proteins have the same number of alpha-carbon atoms. If the two proteins have different numbers of alpha-carbon atoms, you can use the `fit` command instead. The `fit` command aligns two structures based on their entire backbone atoms.
也可以让ChatMol代码按照您的命令自动运行，只需加入“，True”即可。如：
chatgpt How do I color a protein by secondary structure?, True
如果不想每次打开PyMOL都运行一次脚本，可以将运行命令写入PyMOL 的启动脚本中，即编辑 PyMOL 启动时加载的配置文件。这个配置文件通常是 /.pymolrc文件，具体步骤如下：
在PyMOL的菜单栏点击File -> Edit pymolrc，然后输入以下内容：
run E:\Directory\PyMOL\Script\chatmol.py
注：E:\Directory\PyMOL\Script\chatmol.py为笔者chatmol.py脚本所在的路径，大家编辑时需要更改为自己的路径。
配置完成后，再次打开PyMOL就可以直接使用ChatGPT了，也无需再次输入API。
转自：“叮当学术”微信公众号
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