JGG｜华大生命科学研究院徐讯团队综述空间转录组技术进展、应用及挑战

空间转录组技术因其在全基因组表达层面上解析组织器官内细胞空间异质性的强大能力，被Nature Methods评为“2020年度技术方法”，广泛应用于图谱构建、胚胎发育、疾病研究、物种演化等前沿领域。随着技术不断革新，目前已有多种基于不同策略的空间组学技术和分析方法出现。

2023年3月27日，Journal of Genetics and Genomics在线发表华大生命科学研究院徐讯团队题为“Spatially resolved transcriptomics: a comprehensive review of their technological advances, applications, and challenges”的综述文章。该综述系统阐明了当前基于影像和二代测序方法的空间转录组技术特征，总结了空间转录组分析的基本流程和挑战，并介绍了空间转录组技术在不同研究领域中的应用等。

该综述首先从四个重点技术层面（包括空间分辨率、捕获效率、捕获视野、单细胞分割）详细列举并比较了基于空间标签的空间组技术特点。随后总结了当前空间转录组分析的基本过程、方法及其在分析高分辨率空间组数据中的挑战。该文章还介绍了空间转录组技术在胚胎发育、图谱构建、肿瘤、植物等研究领域中的应用实例。最后，作者展望了未来技术发展的多元方向，包括空间转录组与其它分子生物学技术（如CRISPR、三维构建、多组学方法）联合分析等。

基于空间标签的空间转录组技术流程

作者简介

华大生命科学研究院成梦南博士和博士生姜宇佳为该综述第一共同作者，华大生命科学研究院徐讯研究员和刘龙奇研究员为共同通讯作者。

引用本文

Mengnan Cheng, Yujia Jiang, Jiangshan Xu, Alexios-Fotios A. Mentis, Shuai Wang, Huiwen Zheng, Sunil Kumar Sahu, Longqi Liu, Xun Xu. (2023). Spatially resolved transcriptomics: a comprehensive review of their technological advances, applications, and challenges. Journal of Genetics and Genomics.

DOI：10.1016/j.jgg.2023.03.011

转自：“植物生物技术Pbj”微信公众号

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