学界研圈
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60399.【学术报道】可重编程材料实现选择性自组装
[摘要]：科技日报北京10月23日电（记者张梦然）创建自动化结构或机器的过程至今仍是自上而下的，需要人工、工厂或机器人进行组装和制造。然而，大自然组装的方式普遍是自下而上的。美国麻省理工学院计算机科学与人工智能实验室研究人员引入了可涂覆于机器人立方体的磁性可重编程材料，让它们自行组装。过程的关键是使这些磁性编程对它们连接的对象具有高度选择性，从而自组装成特定的形状。研究人员使用的柔性磁材料涂层来自廉价的冰箱... [发表时间：2022/10/25 15:18:28]
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60400.【学术报道】深度学习可识别显微照片中的细菌
[摘要]：科技日报北京10月19日电（记者张梦然）美国华盛顿大学研究人员开发出一种深度学习软件Omnipose，其能帮助解决在显微镜图像中识别各种微小细菌的挑战。研究结果发表在17日的《自然·方法学》杂志上。研究人员发现，在大型细菌图像数据库上训练的Omnipose在表征和量化混合微生物培养物中的无数细菌方面表现良好，并消除了其前身可能出现的一些错误。此外，由于不同细菌的光学特性存在差异，Omnipose在... [发表时间：2022/10/25 15:12:05]
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60398.利用Gromacs进行膜蛋白体系MD模拟教程
[摘要]：前言在现实中膜蛋白与非膜蛋白质之间的区别比较大，例如结构形态上、功能上都有较多差异。但是如果放在分子模拟过程中，这仅仅是一层膜的区别。而这层膜是由两层磷酸酯组成的，因此只要我们能解决膜的构建，磷脂分子的力场参数以及把蛋白质嵌入至膜中即可。目前主要的膜蛋白建模工具分别是VMD的扩展工具“MembraneBuilder”、Schrödinger的Desmond模块、Packmol软件和CHARMMGU... [发表时间：2022/10/25 15:20:57]
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60391.国自然标书写作大牛的经验分享
[摘要]：冬春交替之际，是每年生物医学类竞相争锋、申请经费的火热时节。多少人为了写一份漂亮的标书而废寝忘食、辗转反侧，我相信圈内人士都深有体会。因此，小编本期内容想跟大家分享一下生物医学标书（官方名为科学研究基金课题申请书）的写法和心得。虽然国家级、省级、地方的申请书在规模和经费支持上有很大差别，但是在内容和格式上有很多相似之处。下面，小编将分步讲解生物医学标书的写作技巧。下面描述的分步法写的内容，仅仅是写... [发表时间：2022/10/25 15:41:42]
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60392.如何选择合适的qRT-PCR内参基因？
[摘要]：实时荧光定量PCR(qRT-PCR)作为一种检测mRNA的敏感方法已被广泛应用于基因的表达分析。与常规PCR相比，qRT-PCR具有精确性好、敏感性高、支持批量检测及适用广泛等优点。在利用qRT-PCR技术检测目的基因的表达水平时。为了减少检测样本在RNA产量、质量和反转录效率上可能存在的差异，需要选择合适的稳定内参基因作为校正标准，但是迄今为止尚未找到在所有条件下均可稳定表达的内参基因。近年来出... [发表时间：2022/10/25 15:37:39]
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60394.Gromacs分子动力学模拟结果分析常用命令（二）
[摘要]：GROMACS是一个功能强大的分子动力学的模拟软件，我们在前面的推文中为大家分享了一些使用GROMACS运行分子动力学的教程，上期内容也为大家分享了分子动力学之后的一些常用的分析方法，本期内容继续带大家看看在GROMACS中，还有哪些常用的分析方法。1.导出固定的帧很多时候我们需要导出分子动力学轨迹中某一时刻的结构构象，比如比较动力学前后的构象差异，就需要导出轨迹中的第一帧和最后一帧。在Groma... [发表时间：2022/10/25 15:24:08]
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60397.PyMOL绘图简明教程--同时使用多个程序实现批量分子对接
[摘要]：分子对接已经成为药物先导化合物发现和优化领域的有力工具。在过去的三十年中，基于不同的搜索算法和评分函数，开发了大量的对接程序。对于初学者而言，没有图形用户界面的对接程序，学习起来并不轻松，本期内容我们为大家分享一个十分易用的新的多平台分子对接工具--DockingPie。DockingPie是PyMOL的一个插件，提供了一个通用的和用户友好的图形用户界面，可以非常方便的使用多个对接程序执行分子对接... [发表时间：2022/10/25 15:21:34]
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60396.Gromacs分子动力学模拟结果分析常用命令（一）
[摘要]：GROMACS是一个功能强大的分子动力学的模拟软件，我们在前面的推文中为大家分享了一些使用GROMACS运行分子动力学的教程，完成分子动力学之后，更重要的是结果分析。本期内容以蛋白-配体复合物的分子动力学结果为例为大家分享常用的结果分析方法。1.周期性校正通常跑完分子动力学后，轨迹文件中分子可能存在跨过周期性边界的情况，需要校正模拟体系的周期性。可输入以下命令校正周期性gmxtrjconv-smd... [发表时间：2022/10/25 15:22:04]
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60393.qRT-PCR引物设计
[摘要]：方法一：https://sg.idtdna.com/pages1.RealtimePCRTool2.Refseqlookup3.search3.如果有多个，前面的方框都选上，DesignAssays。4.如下图设置好后，点击页面最下面的designassay方法2：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/1.cDNA序列的获取选择gene，输... [发表时间：2022/10/25 15:36:58]
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60395.PyMOL绘图简明教程--蛋白通道的分析与可视化
[摘要]：PyMOL适用于创作高品质的小分子或是生物大分子（特别是蛋白质）的三维结构图像。在所有正式发表的科学文献中的蛋白质结构图像中，有四分之一是使用PyMOL来制作。在之后的推文中，我们会为大家分享一些使用PyMOL使用及绘图的教程，前面的内容我们为大家分享了一些PyMOL的实用教程，包括基本操作和绘图实例等。本期内容为大家介绍在PyMOL中如何进行蛋白通道的分析与可视化。CAVER插件CAVER是捷克... [发表时间：2022/10/25 15:23:37]
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