JGG｜青岛华大基因研究院范广益团队开发三维空间转录组数据可视化工具包VT3D

由多视角和高维数据构建的三维空间转录组图谱已迅速成为揭示生物样本中空间基因表达模式和细胞类型分布的强大技术，彻底改变了研究人员对基因调控相互作用和细胞生态位的理解。然而，目前与之配套的可视化分析工具仍十分匮乏。

2023年4月11日，Journal of Genetics and Genomics在线发表青岛华大基因研究院范广益团队题为“VT3D: a visualization toolbox for 3D transcriptomic data”的方法型论文。该研究开发了一个用户界面友好、功能丰富的三维空间转录组数据可视化工具包VT3D (https://github.com/BGI-Qingdao/VT3D)。

VT3D提供的主要功能包括：1. 三维空间内任意角度最大表达量投影；2. 三维空间内任意平面的虚拟切片；3. 交互式线上空间细胞图谱数据(cell atlas)搭建。此外，该工具包还提供了器官模型自动生成等辅助功能。值得一提的是，利用目前最主流的空间组学技术，如基于原位捕获的Stereo-seq、ST、Slide-seq数据和基于荧光成像的MERFISH、STARMap数据，该研究构建了一个可交互式的线上三维空间转录组学数据库(http://www.bgiocean.com/vt3d_example)，并提供了详细教程，方便用户创建定制化的数据图谱网站。

VT3D使用示意图

作者简介

中国科学院大学生命科学学院和青岛华大基因研究院联合培养的博士生郭立东和青岛华大基因研究院助理研究员李瑶为该论文共同第一作者。青岛华大基因研究院范广益研究员和徐梦阳副研究员为共同通讯作者。相关工作得到了国家自然科学基金项目支持。

引用本文

Lidong Guo, Yao Li, Yanwei Qi, Zhi Huang, Kai Han, Xiaobin Liu, Xin Liu, Mengyang Xu, Guangyi Fan. (2023). VT3D: a visualization toolbox for 3D transcriptomic data. Journal of Genetics and Genomics.

DOI：10.1016/j.jgg.2023.04.001

转自：“植物生物技术Pbj”微信公众号

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